In CommerceManager\Module\AdminObjectPermissionsEdit.ascx.cs the Add_Click function builds ACEs in two sections of code:
If no customer is selected you run:
if(lbCustomers.SelectedItem==null)//int.Parse(ddUsers.SelectedItem.Value)==0)    //group
            {
                if(rbList.Items[0].Selected) //allow
                    switch(ddRights.SelectedItem.Value)
                    {
                        case "1" :
                            ACEr = new ACE(int.Parse(ddRoles.SelectedItem.Value),AllowLevels.Read);
                            ACLr.Add(ACEr);
                            break;

If a customer is selected you run:
if(li.Selected)
                    {
                        if(rbList.Items[0].Selected) //allow
                            switch(ddRights.SelectedItem.Value)
                            {
                                case "1" :
                                    ACEr = new ACE(int.Parse(li.Value), AllowLevels.Read);

Nowhere is ACEr.PrincipleType being set to ACEPrincipleType.Role or ACEPrincipleType.Customer.   And the ACE class would have to do something with that setting for any of this to work.  It loo